日藤海運の定期運航船舶は、関東-東海-近畿-中国-九州間を結ぶ西日本方面の航路を毎日巡航しています。また、西日本方面の基本航路だけでなく、グループ間のネットワークにより北は北海道から南は沖縄まで太平洋岸一帯をカバーし、日本全国に輸送網を持ちます。
各港に寄港する船舶は曜日ごとに異なりますので配船スケジュールをご参照下さい。
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2019年1月現在の主な基本航路のみ表示しています。